1985 wurde Waldheim als Kandidat der
ÖVP zum
Bundespräsidenten nominiert. Er veröffentlichte ein Buch über seine Zeit als UN-Generalsekretär („Im Glaspalast der Weltpolitik“); dieses enthält ein autobiografisches Kapitel aus seiner Zeit vor 1945, aber keine Angaben zu seinen Tätigkeiten in der Wehrmacht von 1942 bis 1945. Zu dieser Lebensphase recherchierten daraufhin verschiedene Journalisten. Das Nachrichtenmagazin
Profil, die
New York Times und der
World Jewish Congress machten ab März 1986 bekannt, dass Waldheim als SA- und NSDStB-Mitglied geführt und zeitweise unter
General Friedrich Stahl und dann im Generalstab Löhrs tätig gewesen war, deren Armeeeinheiten
schwere Kriegsverbrechen verübt hatten. Der Verdacht, Waldheim könne daran mitgewirkt haben, beschäftigte österreichische und internationale Medien jahrelang, die allmählich immer mehr Details zur Kriegszeit Waldheims herausfanden und – zum Teil mit falschen, halbwahren und/oder spekulativen Behauptungen vermischt – bekannt machten. Waldheim bestritt seine SA- und NSDStB-Mitgliedschaft, jegliche Kenntnis von Judendeportationen und jede Beteiligung an Gefangenenverhören. Seine Anhänger und die ÖVP sprachen von einer vom
Jüdischen Weltkongress (WJC) geführten „
Schmutzkübelkampagne“ und setzten auf einen Solidarisierungseffekt der Österreicher. Damit konnte er die Stichwahl am 8. Juni 1986 für sich entscheiden.
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Als Bundespräsident wurde Waldheim besonders seit einem Einreiseverbot der USA (April 1987) von keinem westlichen Staat eingeladen und erhielt nur wenige Staatsbesuche, meist aus dem
Ostblock, sowie Einladungen von einigen arabischen und islamischen Staaten. Seine eigenen Auslandsbesuche, etwa eine
Papstaudienz (Juli 1987), ein Besuch der
Nahostregion (November 1987) und ein Besuch bei
Saddam Hussein 1990 zur erfolgreichen Befreiung von 97 als Geiseln festgehaltenen Österreichern und Schweizern,
[17] waren von heftigen Protesten begleitet. Das Verhältnis Österreichs zu
Israel blieb bis 1992 belastet.
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Österreichs Regierung setzte im Juni 1987 eine internationale Historikerkommission ein, die bis Februar 1988 „kein persönliches schuldhaftes Verhalten“ und „keine Beteiligung an Kriegsverbrechen“ Waldheims feststellte, aber seine genauen Kenntnisse davon. Er habe das Begehen einiger Verbrechen etwa durch seine „Feindlageberichte“ erleichtert. Ferner habe er versucht, „seine militärische Vergangenheit in Vergessenheit geraten zu lassen, und, sobald das nicht mehr möglich war, zu verharmlosen.“
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